農業災害補償制度は,下図のように農業共済組合,農業共済組合連合会および政府(農業共済再保険特別会計)の3段階で運営されています。
まず,組合員から共済掛金を受領し,被災組合員に共済金を支払うなど,直接組合員と結びついた仕事をしているのが農業共済組合です。従って,農業共済組合は組合員に対し共済金を支払う責任(共済責任)を負います。
農業共済組合は,大きな災害に見舞われ,共済金の支払が多額となり,農業共済組合だけでは支払ができなくなる場合に備え,共済責任の一部について都道府県段階の農業共済組合連合会の保険に付しています。さらにまた,連合会はその責任(保険責任)の一部について全国段階である政府の再保険に付し,被害の態様に応じその危険をより広い地域に分散し,組合員に対する共済金の支払に支障が生じないように運営されています。